등록세 중과 추징사건


1. 처분개요 및 처분청의 주장


가. 청구인 주식회사 0000 는 정보제공서비스업, 전자상거래업, 소프트웨어 개발 및 유통업 등을 사업목적으로 하여 1999. 6. 15. 설립된 회사입니다.


청구인 회사는 2000.년 서울지방중소기업청으로부터 벤처기업 확인을 받은 다음 2002. 2. 25. 서울시 00구 00동 708-33 00동00빌딩 000호 취득 하였습니다.


그리고 청구인 회사는 처분청로부터 위 건물은 창업벤처중소기업인 청구인 회사가 당해 사업을 영위하기 위하여 취득한 사업용재산에 해당한다는 것을 이유로 하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등을 면제 받았습니다.


나. 한편 청구인 회사는 2001. 12. 28. 주식회사 000, 같은 000 주식회사각 합병 하였습니다.


처분청은, 창업벤처중소기업이 합병이나 사업의 양수를 통하여 다른 사업을 승계하거나 자산을 인수하여 동종의 사업을 영위하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다는 이유를 들어, 2003. 4. 17. 청구인 회사에 대하여 종전에 조세특례제한법의 혜택을 받아 면제받은 등록세 등을 모두 추징하는 과세처분(이하 ‘이 사건 제1차 과세처분’이라고 합니다)을 하였고,


청구인 회사는 예기치 못한 처분청의 추징처분에 따른 세금을 마련하기 위하여 2003. 8. 20. 이 사건 부동산을 환매 조건부로 일단 매각하여 마련한 돈으로 이 사건 제1차 과세처분에서 처분청이 부과한 세액 전부를 완납하였습니다


다. 그런데 처분청은 2006. 6. 19. 지방세법 제138조 제1항, 같은법 시행령 제101조 제2항에 따르면 대도시내 법인설립 후 5년 이내 취득하는 부동산에 대하여는 등록세 세율을 표준세율의 100분의 300으로 하도록 규정하고 있고,


부동산 등기 후 1년 이내 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하거나, 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 중과세율을 적용토록 규정하고 있는바,


청구인 회사는 부동산 취득 후 2년 이내 당해 중과제외 업종에 직접사용하지 않고 매각하였으므로 유보된 등록세 중과세율을 추징한다는 과세예고 통지를 한 후에,


2006. 8. 11. 청구인 회사에 대하여 청구취지와 같이 등록세 금000,000,000원, 지방교육세 금00,000,000원의 합계 금000,000,000원의 부과처분(이하 ‘이 사건 제2차 과세처분’이라고 합니다)을 또 하였습니다.



2. 박정식 변호사의 위 결정문에 대한 분석의견



가. 이 사건 처분은 조세법률주의를 위반한 위법한 처분으로 보여집니다.


나. 가사 조세법률주의를 위반하지 않았다고 하더라도,
청구인 회사의 부동산 매각은 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로 정당한 사유에 대한 적절한 입증이 있다면 위 처분은 취소될 가능성이 매우 높다고 할 것입니다.


다. 뿐만 아니라 제1차 처분도 위법할 가능성이 매우 높다고 보입니다. 이는 조세특례제한법 제6조 제4항 각호의 경우에는 지방세부분에 적용되지 않는다는 최근 법원의 결정 등에 비추어 볼때 더더욱 위법하다고 보입니다.

감사합니다.

변호사 박 정 식