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창업벤처(행자부2005-185결정)사건분석

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작성자 작성자 : 관리자 조회 조회 1,153회 작성일작성일 : 2005-10-27

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1. 처분청의 과세처분 경위 및 행정자치부의 기각결정

㈎ 청구인은 2002. 2. 2. 00지방중소기업청으로부터 벤처기업 확인을 받은 다음, 2002. 3. 14.부터 2003. 9. 15. 사이에 00 00구 000동 000-0외 5필지의 토지를 매수하여 동 지상에 건물을 신축하였습니다. 그리고 처분청로부터 2003. 9. 25. 위 토지 및 건물은 창업벤처중소기업인 청구인이 당해 사업을 영위하기 위한 사업용재산에 해당함으로 이에 대한 취득세 및 등록세가 면제된다는 지방세감면확인을 받아 취득세와 등록세가 면제 되는 등기를 하였습니다.


㈏ 그런데 처분청은, 청구인이 벤처기업으로 확인 받기 전인 2001. 11. 30. 소외 00 주식회사를 흡수합병 하였는데, 창업벤처중소기업이 합병이나 사업의 양수를 통하여 다른 사업을 승계하거나 자산을 인수하여 동종의 영업을 영위하는 경우에는 창업으로 보지 아니하는 것이므로, 청구인에 대하여는 당초 위 지방세가 면제될 수 없는 것인데도 면제가 되었다는 이유로 2005. 2. 11. 청구취지와 같이 당초에 면제된 취득세 등을 추징하는 과세처분을 하였습니다.


㈐ 이에 대하여 청구인은 2005. 5. 9. 심사청구를 하였으나, 행정자치부장관은 2005. 6. 27. 청구인의 심사청구를 기각하는 결정을 하였습니다.



2. 관계 법령

㈎ 벤처기업육성에관한특별조치법은 다음과 같이 규정하고 있습니다.

제14조 (조세에 대한 특례)
①국가 또는 지방자치단체는 벤처기업을 육성하기 위하여 조세특례제한법·지방세법 기타 관계 법률이 정하는 바에 의하여 소득세· 법인세· 취득세· 재산세 및 등록세 등을 감면할 수 있다. <개정 2001.2.3>

㈏ 구 조세특례제한법 (2003. 12. 20. 법률 제7003호 개정전) 제6조는 창업벤처중소기업에 대한 소득세와 법인세의 감면에 관하여 다음과 같이 규정하고 있습니다.

제6조 (창업중소기업등에 대한 세액감면)

①2003년 12월 31일 이전에 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 "수도권 과밀억제권역"이라 한다)외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업지원법 제5조제2항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 1999.8.31, 2000.1.21, 2002.12.11>

②벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. <신설 1999.8.31, 2000.12.29>

③창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다), 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터운영관련업과 대통령령이 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 한다. <개정 1999.8.31, 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.12.11>

④제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다. <개정 2001.12.29>
1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우
2. 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우
3. 폐업후 사업을 다시 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우
4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우
⑤제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. <개정 1999.8.31>

㈐ 동 법 제119. 120조는 창업벤처중소기업에 대한 등록세와 취득세의 감면에 관하여 다음과 같이 규정하고 있습니다.

제119조 (등록세의 면제등)

③다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. <개정 2000.12.29, 2002.12.11>
1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기
2. 창업중소기업의 법인설립의 등기
3. 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항제4호 가목의 규정에 의하여 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 6월 이내에 행하는 법인설립의 등기
④제32조의 규정에 의한 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. <개정 2002.12.11>

제120조 (취득세의 면제등)

③창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. <개정 1999.8.31, 2002.12.11>

㈑ 동 법 제121조는 창업벤처중소기업에 대한 재산세의 감면에 관하여 다음과 같이 규정하고 있습니다.

제121조 (재산세등의 감면)

창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 소유하는 사업용재산에 대하여는 창업일부터 5연간 재산세 및 종합토지세의 100分의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 1999.8.31>



3. 박정식 변호사의 위 심사결정에 관한 분석의견


(1) 관련 법규의 적용에 관하여

㈎ 벤처기업육성에관한특별조치법 제14조는, 조세특례제한법 기타 관계 법률이 정하는 바에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ취득세ㆍ재산세 및 등록세를 감면할 수 있다고 규정하였습니다.


이에 따라 조세특례제한법은, 제2장 직접국세의 제6조에서는 소득세와 법인세의 세액감면을 규정하고,


제4장 지방세의 제119조에서는 등록세의 면제, 제120조에서는 취득세의 면제, 제121조에서는 재산세의 감면 등으로 나누어 각 규정하고 있습니다.


㈏ 조세특례제한법은 제6조 제2항의 창업벤처중소기업에 대하여는, 벤처기업으로 확인 받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세와 법인세의 100분의50을 감면 한다고 규정하면서, 제3항에서는 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위를 정하고 있습니다.


그리고 제4항에서는 제1항 내지 제3항을 적용함에 있어서, 그 제1호의 합병으로 인하여 동종사업을 영위하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다고 정하였습니다.


따라서 창업벤처기업이 창업 전에 합병을 한 경우에는 6년간의 기업소득에 관한 소득세와 법인세의 감면을 적용 받지 못한다고 할 것입니다.


㈐ 그리고 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호는 창업벤처중소기업이 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기에는 등록세를 면제하고, 제120조 제3항 역시 같은 경우에 취득세를 면제한다고 정하였습니다.


여기에서는 단지 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산이면 그로서 면제 요건이 충족된다고 할 것입니다.


조세특례제한법 제6조 제4항의 창업으로 보지 아니하는 조항은, 제6조의 제1항 내지 제3항의 기업소득에 대한 소득세와 법인세를 감면 받는데 적용한다는 것이므로, 법규자체에 의하더라도 여기에 제119조와 120조의 취득세와 등록세 조항이 적용될 여지는 없습니다.


이 사건과 관련은 없지만 재산세와 종합토지세 역시 같은 경우에 해당 합니다.


㈑ 국세인 소득세ㆍ법인세는 지방세인 취득세ㆍ등록세와는 그 부과주체, 과세요건, 과세물건, 담세력, 부과절차 등에 있어서 서로 다른 별개의 조세이므로 국세에 관한 조세법규를 지방세에 직접 적용 할 수는 없습니다.


지방세인 이 사건 취득세와 등록세 감면 규정은 조세특례제한법 제4장의 지방세 규정 안에서만 적용이 되어야 할 것이지, 이 지방세의 규정을 제2장의 국세에 관한 규정에 직접 적용하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것입니다.


따라서 이사건 취득세와 등록세를 면제하는 데는 조세특례제한법 제6조 제4항이 적용되지 아니하여 청구인이 합병을 하여 창업한 것을 창업으로 보는지의 여부로서 지방세의 조세 면제를 정할 것은 아니라고 할 것입니다.


(2) 관련 법규상의 창업에 관하여

㈎ 조세제한특례법 제6조 제1항은 창업한 중소기업을 창업중소기업이라고 합니다. 제2항에서는 창업 후 2년 이내에 벤처기업으로 확인 받은 기업을 창업벤처중소기업이라고 합니다.

그리고 제3항에서는 “창업”으로 보지 아니하는 제외 규정을 두고 있습니다. 여기서 말하는 창업이라 함은 말 그대로 기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 (중소기업창업지원법 제2조 제1호, 시행령 제2조 제3조 참조) 제1항과 제2항의 창업을 말 할뿐이고 다른 규정은 없습니다.


㈏ 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호는 위의 제6조와는 창업의 개념이나 적용이 전혀 다릅니다.


창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인 받은 날을 말한다. 이하 같다)고 규정하였습니다.


창업중소기업은 창업일을 적용하지만 창업벤처중소기업은 벤처기업으로 확인 받은 날을 창업일로 본다고 하였습니다.

이하 같다는 규정은 제120조에 적용 됩니다.

㈐ 그러므로 국세인 기업의 소득세와 법인세를 감면하는 위 제6조에서는 기업의 이익에 관한 조세의 감면목적, 감면대상, 감면범위, 감면기간 등을 정하기 위하여 새로 설립한 창업에 포함시킬 것인지 제외할 것인지를 정하였다고 할 것입니다.


그리고 지방세인 등록세와 취득세를 면제하는 제119조, 제120조는 기업이 투자하는 사업용 재산의 취득에 관한 조세의 면제목적, 면제대상, 면제범위, 면제적용기간 등을 정하면서 창업벤처중소기업인 경우에 있어서는 “벤처기업으로 확인 받은 날을 창업”으로 하여 그 날부터 2년 이라는 면제기간을 정하고 있는 것입니다.


이와 같이 국세의 감면과 지방세의 면제를 적용하는 목적과 적용대상이 각자의 규정에 따라 전혀 별개로 적용된다고 할 것입니다.



(3) 행정자치부장관의 심사결정이유에 관하여


㈎ 이사건 처분에 관한 심사결정은 다음과 같이 판단한다고 하였습니다.


“청구인의 주장을 차례로 살펴보면, 구 조세특례제한법 제119조 및 제120조에서 창업벤처중소기업이, 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 등록세 및 취득세를 면제한다고 하면서, 같은 법 제6조 제2항에서 창업벤처중소기업을 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인 받은 기업이라고 하고 있으며, 그 제4항에서 (제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 라는 부분의 기재 없이) 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우 등에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 이와 같은 법령의 엄격해석 원칙에 비추어 청구인은 합병 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종사업을 영위하는 경우에 해당한다고 할 수 있으므로 이사건 처분은 잘못이 없다.”는 것입니다.


㈏ 즉, 합병 등을 창업으로 보지 아니하는 규정은 위 법 제6조의 국세인 소득세와 법인세를 창업한 해와 그 후 5년 동안 감면 받는 경우에 적용하는 규정 임에도 불구하고, 동 규정에서 “제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서” 라는 부분을 빼 버린 채, 이를 지방세인 제119조 및 제120조의 등록세와 취득세 면제 규정에까지 직접 적용하는 것이라고 판단하였습니다.


이와 같은 이유를 보더라도 처분청의 이사건 처분은 과세관청 자신이 위법ㆍ부당한 처분을 하는 것임을 의도적으로 감추려 한다는 의도를 짐작하게 합니다.


(4) 조세특례제한법의 감면 법리에 관하여


㈎ 조세특례제한법 제6조는 벤처창업중소기업이 벤처기업으로 확인 받은 경우에는 그 확인 받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 정하였습니다.


㈏ 그러므로 어느 기업이 종전의 사업이나 다른 기업을 합병하든지 또는 다른 자산을 인수, 매입하여 창업을 하고 벤처기업으로 확인을 받는다면, 종전에 그 사업의 소득으로 납세하던 소득세와 법인세가 감면대상에 포함되어 종전세액의 50%를 감면 받게 됩니다.


그 뿐 아니라 확인 받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도의 소득에 관한 소득세와 법인세가 감면되니까, 12월에 벤처기업으로 확인을 받은 기업은 그 해 1월부터 소급하여 한 해의 모든 소득에 관한 소득세와 법인세까지 소급하여 감면을 받는 결과가 됩니다.


㈐ 이와 같이 납세자가 이를 소급까지 적용하여 6년씩이나 감면을 악용하여 조세의 형평상 부당한 소득을 얻을 소지가 있으므로, 이 소득세와 법인세를 감면하는 규정을 적용함에 있어서는 예외의 규정이 있어야 할 것입니다.


그래서 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에는, 그 부분으로 인한 발생한 소득에 관한 소득세와 법인세를 부당한 감면 혜택에서 제외할 목적으로, 이를 감면대상에 포함되는 창업으로 보지 않는다는 규정을 마련하였다고 할 것입니다.


㈐ 그러나 지방세인 취득세와 등록세는 기업의 소득에 관한 것이 아닙니다. 오히려 그와는 반대로 기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 사업용 재산으로 취득하여 단지 이를 기업의 명의로 등기하는데 따른 조세입니다.


그러므로 창업한 법인이 합병으로 사업용 재산을 취득하거나 또는 종전의 자산을 인수하더라도, 그것이 당해 사업을 영위하기 위한 사업용 재산의 취득인 이상, 그에 관한 취득등기의 조세에는 아무런 영향이나 악용의 소지가 있을 리 없습니다.
계속되는 조세의 면제도 아니고 단 1회성의 면제입니다.


이미 창업하여 당해 사업을 영위하기 위하여 법인의 자본으로 취득하고 장차 사업에 필수 불가결하게 제공되는 사업용 재산을 법인에 편입하는 것뿐입니다.


이런 기업의 재산 취득에 기업의 소득에 관한 조세법규를 적용하여 창업으로 보아야 할 것인지를 논할 의미나 감면여부를 따질 것은 아니라고 할 것입니다.


㈑ 이와 같은 법규상의 이치로 보더라도 법인의 소득에 관하여 소득세와 법인세를 5년 이상 감면하는 규정에, 소득이 아니고 자본을 지출하는 단 1회성의 취득세와 등록세를 면제하는 법리를 똑 같이 적용하여야 할 것은 아니라고 할 것입니다.


(5) 청구인의 창업 확인 전 합병에 관하여

㈎ 청구인회사와 피합병법인 00 주식회사의 합병 전 매출 실적은 청구인회사가 피합볌법인보다 100배 정도가 더 많습니다.


㈏ 원래 위 00(주)는 청구인회사의 외주 하청업체인데 다른 매출은 별로 없고 청구인회사의 하청으로 인한 매출이 거의 전부인 영업을 하고 있었습니다.


00(주)는 이 정도의 매출실적을 가지고는 독자적으로 비용을 지출하면서 법인을 경영하는 것이 어려워 도산할 수밖에 없었습니다.


계속하여 개발비용을 투입하기는 고사하고 기존의 미지급 개발비조차 5억원 상당이 연체 중에 있었고, 유동자산은 8억원에 불과하였습니다.


그러나 청구인의 영업 일부는 위 00(주)의 하청이 불가피 하였습니다.

그리하여 당초에는 00(주)가 잠정적으로 영업을 중단하고 그 종업원을 청구인회사가 고용하여 종전의 하청업무를 맡기려고 하였습니다.


그런데 청구인회사가 단지 종업원만을 인수하기 보다는 00(주)의 연체개발비까지 인수하여 그에 관계되는 업체들과도 계속 거래를 하는 것이 오히려 편리하다는 방안이 생겼습니다.


이와 사정에서 가장 간편한 방법은 두 회사를 합병하면 된다는 단순한 생각으로 합병을 한 것입니다.


㈐ 만약에 합병을 하게 되면 기왕에 면제 받은 세금 3억5천만원이 다시 추징당된다는 사실을 미리 알았더라면 연간 매출이 고작 1억원이나 3억원에 불과한 00(주)를 합병이라는 방법으로 인수할 이유는 없습니다.


청구인회사로서는 기왕의 외주용역비가 직접 제조비용으로 대체되어 중간비용이 절감되고, 부실한 외주업체의 경영 때문에 영업에 지장을 받지 않으면 되니까 종업원을 인수하든지 합병을 하든지 결과는 마찬가지입니다.


그런데도 합병의 방법을 택한 것은 단순하게 편리한 방법을 선택한 것일 뿐이고, 또 상도의상으로나 장래의 거래를 감안하고, 00(주)의 자산8억원과 개발비 부채5억원 및 기타 법인의 부채 등 의무까지 인수해 주어서 그 경영진의 부담을 덜어주고 업계의 신용을 유지하자는 것이지, 이 사건과 같은 일은 전혀 알지도 못하고 생각할 수도 없었습니다.


㈑ 이와 같은 합병 사유나 경위에 비추어 본다면 위법한 처분이라고 할 것입니다.


감사합니다.

변호사 박정식

 서울시 강남구 테헤란로 124 삼원타워 6층, 7층 (강남역 1번출구 역삼역방향 100m) 변호사 박정식
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