취득세 등 부과처분 취소사건 (2005구합30648)

“벤처기업의 국세에 관한 세액감면배제에 관한 근거법령을 세목이 전혀 다른 지방세 부과처분의 근거법령으로 적용한 것이 위법한 것인지 여부......”

사건의 내용

벤처기업 확인을 받은 중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 취득한 사업용 재산에 대하여 취득세 및 등록세를 면제받았으나, 합병,분할 현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에는 창업으로 보지 않는다는 조세특례제한법 제6조 제4항의 규정에 따라 추징된 사건입니다.

원고 회사는 설립이후 2년이 경과하기 이전 벤처기업으로 확인을 받았으므로 회사 합병한 여부에 상관없이 조세특례제한법상의 조세감면 대상인 창업벤처중소기업에 해당한다 할 것이고, 원고회사가 개정 전의 구조세 특례제한법 제6조 제4항 제1호 소정의 합병으로 인하여 피합병법인의 사업을 승계하거나 자산을 인수한 경우에 해당한다 하더라도 지방세에 관한 구 조세특례제한법은 같은 규정을 두고 있지 아니하므로 회사가 합병한 사정만으로 지방세의 조세감면을 배제할 수 없다고 주장하였습니다.

사건의 주요쟁점

- 벤처기업의 국세에 관한 세액감면배제에 관한 근거법령을 세목이 전혀 다른 지방세 부과처분의 근거법령으로 적용한 것이 위법한 것인지 여부

- 조세특례제한법 제3조 조세감면에 관한 특례규정의 적용여부